Entre 1798 et 1814, la Commune de Genève bénéficie des institutions municipales françaises, soit le système du Conseil municipal, du maire et de ses adjoints, nommés par le pouvoir central.
Après cette période, la République est rétablie en 1814 suite à l'arrivée des troupes autrichiennes à Genève. Un gouvernement provisoire est formé; celui-ci s'attelle à la rédaction d'une Constitution et obtient la réunion de Genève à la Confédération. Contrairement à la situation qui prévalait sous l'administration française, l'administration de la Ville est rattachée à celle du Canton. Elle est assurée par une Chambre des comptes, placée sous l'autorité du Conseil d'Etat, composée d'un syndic, de trois conseillers d'Etat et de trois députés au Conseil représentatif, agissant en qualité de Conseil administratif. De plus, elle est renforcée de quatre conseillers municipaux, nommés par le Conseil d'Etat.
Ce Conseil, sorte de commission administrative, établit le budget de la Ville, qui est ensuite ratifié par le Conseil représentatif. L'entretien des rues, l'éclairage public et les ponts sur le Rhône font notamment partie des tâches de gestion de cette commission.
Dès 1835, les institutions municipales sont détachées de la Chambre des comptes et transformées en Chambre municipale. Toutefois, le Conseil représentatif conserve le droit de voter le budget de la Ville de Genève. Il s'agit d'une première étape vers l'autonomie communale. A la fin de l'année 1841, le régime conservateur est renversé et une nouvelle Constitution est élaborée courant 1842. La Municipalité devient alors autonome. Les premières élections municipales ont lieu le 29 juillet 1842. Le Conseil municipal siège à l'Hôtel de Ville, tout comme le Grand Conseil. Ses membres, au nombre de 81, sont élus alors pour six ans.
Les événements de 1846 et les bouleversements qui suivent à Genève n'apportent que peu de modifications à l'administration municipale. Le Conseil municipal est cependant réduit à 41 membres qui continuent à élire le Conseil administratif (5 membres) jusqu'aux modifications apportées par la loi de 1874 (élection des conseillers administratifs directement par le peuple). Les structures et le fonctionnement du Conseil sont ainsi posés.
Au début du XIXe siècle, la Municipalité a surtout pour tâches de veiller à l'ordre public, à la propreté des rues et des cours, de gérer son patrimoine immobilier et de tenir les registres d'état-civil. Le fait de devenir une Municipalité autonome fondée sur le suffrage universel dès 1842 ne modifie pas en profondeur le type de tâches à effectuer. Toutefois, le visage de la Ville change rapidement au cours de la seconde moitié du XIXe siècle. La loi du 5 février 1849 précise les attributions de l'administration municipale; aux fonctions précédentes se rajoutent l'entretien des promenades, la distribution de l'eau, la gestion des écoles, musées, bibliothèques et cimetières.
Actuellement, le Conseil municipal (80 membres élus tous les cinq ans) exerce des fonctions déliberatives (adoption de délibérations soumises à référendum) et consultatives (sous forme de résolutions, d'avis ou de propositions non soumis à référendum). Le Conseil municipal délibère ainsi sur des objets comme le budget et les comptes annuels de la Ville, le statut du personnel, les achats ou ventes d'immeubles, échanges ou partages de biens communaux ; les projets de travaux publics, de construction, de transformation ou de démolition d'immeubles municipaux, d'ouverture ou de suppression de chemin ou de rue, la modification des limites du territoire.
